2009年随着广州市启动新一轮机构改革，南沙区交通运输局与南沙区建设局以“一套人马、两块牌子”的形式合署办公，长久以来在各自职责领域内既有分工又有协作，在南沙大开发大建设过程中积极主动作为、共同创新探索、发挥独特优势，实行“双牵头”推进模式，在重大交通攻坚、湾区衔接、内通外达、城市交通品质提升、交通基础设施建设、交通出行服务提质增效等方面交出了亮眼成绩单，实现了“路随城建、城因路兴”的良性循环。

　　揭牌后，南沙区交通运输局主要工作职能包括交通体系规划研究、交通项目建设、交通设施管理、运输管理等方面。

　　随着《南沙方案》深入实施，南沙已从“城市建设为主”转向“湾区枢纽功能跃升”的新阶段。作为大湾区地理几何中心和国家重要战略性平台，南沙承担着引领区域协同、打造区域综合交通枢纽的重要使命，单独设立南沙区交通运输局是历史使命使然。

　　“独立设局不是‘分家’，而是在协同基础上的‘专业深耕’。责任重大、使命光荣！”南沙区交通运输局主要负责人在揭牌仪式上表态发言。他表示，接下来，南沙区交通运输局将坚决贯彻落实区委、区政府的决策部署和工作要求，立足南沙“大湾区交通枢纽”战略定位，凝聚思想共识、科学谋划发展、率先垂范引领、认真抓好落实，以更开放的姿态、更创新的举措，打好“开篇之战”，让南沙真正成为“贯通湾区、辐射全球”的交通中枢。